La Ligue naît de facto durant le procès d’Émile Zola. Ce rassemblement se mue ensuite en une « Ligue des droits de l’homme et du citoyen », officiellement enregistrée le 4 juin 1898, soit quatre années après la condamnation du capitaine Dreyfus. L’Institution se dote dès les débuts, d’un solide groupe d’avocats et de juristes. La Ligue ne veut pas « créer du droit, mais protéger le droit ». Elle regroupe dans ses rangs des politiciens de premier plan, radicaux et socialistes mais également un grand nombre d’intellectuels et d’écrivains comme Anatole France, Marcel Proust et d’autres.
Après la Grande Guerre, la réflexion de la Ligue va essentiellement se porter vers le statut politique et social des colonies. Le premier élan, en compagnies des Maçons et des socialistes, va les pousser à importer la République dans les colonies ; mais surtout pour les Européens ! Quel statut alors pour les indigènes ? La Ligue va mener un combat incessant en faveur de la définition d’un statut clair et le plus libéral possible en leur faveur, un statut du « citoyen indigène », habitant d’un « pays en devenirs », au sein d’une sphère mondiale française, comparable au Commonwealth.
Les colonisés enfin, les indigènes, que pensaient-ils de tout cela ? Voulaient-ils devenir Français ? Appartenir à une superpuissance mondiale francophone, ou bien vivre plus chichement, mais librement, dans un pays qui leur appartenait ? En fait, ils ne se levèrent pas en masse contre les partis indépendantistes ou communistes pour imposer leur volonté de rester ou devenir Français. Il est d’ailleurs important de signaler que ce sont les mouvements patriotiques qui se trouveront à l’origine des grandes réflexions réformistes coloniales de la métropole : Riff, Syrie, Indochine. Après cette date, le pouvoir colonial perdra l’initiative et le Front populaire, malgré une vaste enquête sur les colonies ne pourra rien y changer.