Didacticiel de reconstruction d'arbres phylogénétiques

Ballade sur l'adn et dessin interactif d'arbres, pas à pas, avec l'environnement didactique isee

Annick Chamontin - Collection Omn.univ.europ.

108 pages, parution le 09/12/2011

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Résumé

L'environnement didactique ISee permet une initiation aux techniques et algorithmes de la bioinformatique, comme la recherche de régions codantes dans les génomes. Dans ce contexte, un nouveau module destiné à expliquer les principes de la reconstruction algorithmique d'arbres phylogénétiques a été conçu et développé en Java. Un arbre phylogénétique rend compte de l'émergence des espèces au cours du temps et fait ainsi apparaître leur relation de parenté : deux espèces sont d'autant plus proches qu'elles sont apparues à partir d'une espèce ancestrale commune récente. Le nouveau module présente UPGMA, l'une des méthodes de reconstruction d'arbres phylogénétiques à partir de séquences génomiques d'espèces actuelles. Pour expliquer la méthode de reconstruction, le module affiche la matrice des distances entre les espèces, puis la construction de l'arbre, pas à pas, et ce de manière interactive. Le module présente aussi les hypothèses de base sur lesquelles repose la méthode de construction et en démontre les limites, à savoir l'hypothèse de l'horloge moléculaire et l'hypothèse que les séquences sont proches. Pour cela il offre trois interfaces, en libre exploration et expérimentation.

Caractéristiques techniques

	PAPIER
Éditeur(s)	Editions universitaires européennes
Auteur(s)	Annick Chamontin
Collection	Omn.univ.europ.
Parution	09/12/2011
Nb. de pages	108
Format	15 x 22
Couverture	Broché
Poids	171g
EAN13	9783841783035