Développements en phylogénomique

Helaers-R - Collection Omn.univ.europ.

188 pages, parution le 27/10/2011

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QUANTITÉ

Résumé

Cette thèse présente les développements bioinformatiques ayant abouti à la création de 2 logiciels. Tout d'abord, nous plongerons dans l'inférence phylogénétique, présentant un état de l'art du domaine puis en détaillant l'implémentation de MetaPIGA 2, un logiciel qui permet d'inférer une phylogénie via l'utilisation de méta-heuristiques. Quatre méta-heuristiques ont été adaptées pour cette problématique : un hill climbing, un recuit simulé, un algorithme génétique et l'algorithme génétique méta-populationnel. Ensuite, nous mettrons en avant une approche phylogénétique pour la génomique comparative, en développant le logiciel MANTiS, qui permet d'explorer le contenu d'une sélection de génomes eucaryotes le long d'une phylogénie. Nous y expliquerons comment les relations d'homologie sont identifiées à l'aide d'arbres phylogénétiques, et comment nous pouvons suivre l'historique des événements de duplication au cours de l'évolution, déterminer quand un caractère a été gagné et perdu, reconstituer le contenu des génomes ancestraux, et étudier l'évolution fonctionnelle d'un génome au cours du temps. Cet ouvrage s'adresse aussi bien à qui s'intéresse à la biologie et/ou à l'informatique.

Caractéristiques techniques

	PAPIER
Éditeur(s)	Editions universitaires européennes
Auteur(s)	Helaers-R
Collection	Omn.univ.europ.
Parution	27/10/2011
Nb. de pages	188
Format	15.2 x 22.9
Couverture	Broché
Poids	285g
EAN13	9783841780638