Comparaison de séquences répétées en tandem

Berard-S - Collection Omn.univ.europ.

244 pages, parution le 06/07/2010

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Résumé

Les séquences répétées en tandem sont une classe de séquences génétiques constituées de motifs adjacents dont font partie microsatellites et minisatellites. Dans cet ouvrage, nous traitons le problème de leur comparaison par alignement. Notre modèle considère, en plus des trois opérations classiques : mutation, insertion et délétion, l'amplification en tandem et la contraction en tandem. L'amplification copie un facteur de la séquence, c'est-à-dire un ou plusieurs caractère(s), et met le ou les exemplaire(s) du facteur copié à côté du facteur original, la contraction est l'évènement inverse. Nous proposons une méthode donnant un score d'alignement entre deux séquences répétées en tandem. Le problème est difficile car les opérations ne sont pas commutatives. Notre solution fait appel à de l'algorithmique de graphe. Nous avons réalisé un programme nommé MS_Align qui implémente cette méthode. Il s'agit du premier programme capable d'aligner des cartes de minisatellites. À l'aide de ce programme, nous avons étudié des données biologiques provenant du minisatellite humain MSY1. Comme nous le montrons, notre modèle évolutif s'applique bien à ce type de séquences d'ADN.

Caractéristiques techniques

	PAPIER
Éditeur(s)	Editions universitaires européennes
Auteur(s)	Berard-S
Collection	Omn.univ.europ.
Parution	06/07/2010
Nb. de pages	244
Format	15.2 x 22.9
Couverture	Broché
Poids	364g
EAN13	9786131509063